Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı 2006 yılında, 1 Mart 2006 tarih ve 5467 sayılı kanun ile Amasya Üniversitesi'nin kurulmasıyla birlikte oluşturulmuştur.
 Yeni yapılanma durumunda olan Amasya Üniversitesi Merkez Kütüphanesi, üniversite bünyesindeki fakülte, enstitü, yüksekokul ve meslek yüksekokullarının öğretim elemanları, öğrenci ve personelinin; eğitim, öğretim, araştırma ve boş zamanlarını değerlendirmeleri için her türlü bilgiyi ve bilgi kaynaklarını toplayıp kullanıcıların hizmetine en iyi şekilde sunmak amacıyla 2007 yılında kurulmuştur.  Kuruluş aşamasında olan bir yapılanma olması sebebiyle, mekan, donanım, kaynak ve personel eksiklikleri bulunmaktadır. Okuma salonu olan ve yaklaşık 12.500 civarında materyali barındıran merkez kütüphane kullanıcılarına hizmet vermeyi sürdürmektedir. Bilginin güç ve egemen olduğu günümüz dünyasında araştırma uygulamaya bütün dünya devletleri büyük önem vermektedirler. Gelişen şartlar ve değişen koşullar gelişmekte olan ülkeleri de bilgi ve bilginin kaynağı hakkında araştırmalara sevk etmektedir. Gelişmeler ışığında üretilen bilginin kullanımıyla yeni veriler ortaya çıkmaktadır. Bu verilerin çeşitli kullanıcı gruplarının erişimine sunulması, değişik aşamalardan geçerek gerçekleştirilmektedir. Bu erişimi sağlayan kurum ve kuruluşlar (özel ve tüzel) bilgi merkezleri olarak isimlendirilmektedirler. Bu bilgi merkezlerinin başında üniversite kütüphaneleri, araştırma kütüphaneleri ve dokümantasyon merkezleri gelmektedir. Üniversiteler bilim, kültür, sanat, edebiyat vb. alanlarda uzmanlaşmış kurumlar olarak araştırma ve uygulamaya önem veren kurumlardır. Bu manada üniversite bünyesindeki bilgi merkezlerine ve uzmanlarına büyük sorumluluklar düşmektedir. AR-GE çalışmalarına yönelik bilginin depolanması ve özellikle kullanıcılara sunumu bu sorumlulukların ilkelerindendir. Kütüphanemiz genel anlamda çağı yakalamak ve yenilikleri izlemek amacıyla kurulmuştur.
  Kütüphane hizmetleri Üniversitemiz Kütüphane Yönergesine göre sürdürülmektedir. Üniversitemiz Eğitim Fakültesinde 1, Meslek Yüksekokul’unda 1 tane olmak üzere toplam 2 kütüphane bulunmaktadır. Kütüphanelerde toplam 2007 yılı itibari ile 25.000 civarında materyal bulunmaktadır. Ayrıca 2008 yılında birimlerimizin istek ve ihtiyaçlarına göre ders, araştırma ve kültürel içerikli Türkçe ve yabancı süreli yayın aboneliğine başlanılacaktır.